Hola Oscar,
Sin ser un experto en PDF, te puedo comentar que las opciones de lectura que comentas dependen de cómo se haya generado el documento PDF. Es decir, del programa editor que lo haya generado. A veces las opciones 'por defecto' implican que se mostrará tal como está configurado el plugin lector del navegador.
Y esta es la segunda parte. Hasta donde conozco, Moodle no trae un plugin para abrir los archivos PDF sino que es el propio navegador web el que lo abrirá con su propio plugin o te dará la opción de abrirlo con Acrobat Reader u otro software lector de PDF que cada usuario tenga instalado en su máquina. En dicho lector, aunque la opción por defecto sea de 'lectura continua', por ejemplo, se puede modificar a 'página por página'.
Saludos
JP