Moodle redirecciona al entrar al Área Personal donde solo puede ver sus cursos.
En esa página no se muestran los cursos por categorias ni tampoco recuerdo ningún tema que pueda hacerlo (muchas veces depende del tema)
Pero que recuerde los certificados de profesionalidad no han de ir separados por categorias. Moodle muestra los cursos en los que está matriculado que se suponen son unos pocos. Es por esa razón que no se muestran clasificados por categorias. Incluso en moodle 3.3, donde se ha creado un apartado más especifico, siguen sin mostrarse agrupados.
Hay dos parámetros que quizás puedan ayudarte en Apariencia > Navegación
Prueba a cambiarlos para ver si muestran las categorias como quieres.