Como has podido ver, moodle no borra fisicamente sino que marca los usuarios como eliminados.
La tabla mdl_users tiene relación con muchas otras y eliminar información directamente te dejara huerfanas otras filas en otras tablas.
Si quieres borrar usuarios de prueba, puedes borrarlos cambiando el valor que has indicado de 0 a 1, o eliminarlos desde el listado de usuarios.
Buenas Fernando,
Si si conozco como funciona el eliminado de los usuarios en Moodle, que no es un eliminado físico sino que marcas el valor "deleted" a 1 en el registro correspondiente. A lo que voy, si yo hago una eliminación masiva desde el listado de usuarios, esa eliminación te elimina todas las relaciones de dichos usuarios con las tablas donde estén referenciados y marca a 1 el campo "deleted" de la tabla mdl_user. ¿Es esto cierto? Si se comporta de esta manera, podría eliminar fisicamente dichos registros de mdl_user ya que no quedaría ningun registro huerfano.