Buenas tardes Fernando,
Muchisimas gracias por tu respuesta. He realizado pruebas usando la opcion de Borrado masivo de los usuarios dentro de la administración de cuentas de usuarios de la plataforma, y perfecto, te elimina cualquier rastro de los usuarios seleccionados a borrar en todas las tablas relacionadas que contengan información de dichos usuarios.
Tambien he comprobado que cambia el valor del campo "username" de la tabla mdl_user y te pone 1 al campo "deleted". Y es aqui cuando puedo yo eliminar dichos usuarios de forma física de la plataforma, porque muchos de ellos son usuarios de pruebas de tests, usuarios de pruebas de los docentes que ya no se usan, etc etc, y queda "feo" toda esa información, por lo que no creo que haya problemas a la hora de realizar un delete selectivo de la tabla mdl_users.