En principio moodle carga las variables, tanto las propias (mdl_config) como las de los plugins (mdl_config_plugins), desde la base de datos.
Si al leer config.php encuentra alguna variable ya configurada entonces sobreescribe dicha variable.
Por tanto entiendo que si una variable no existe en la base de datos y si que existe en config.php está última debe prevalecer y por tanto el theme deberia poder visualizarse sin problemas.
Pero por lo que he visto, creo que hay algun problema más. No es normal que ese registro se haya eliminado de la tabla por lo que es posible que falten más registros y provoquen un error general.
La linea que he indicado la añadimos simpre a config.php junto a otras para forzar el debugging y en caso de problemas las activamos. Y hasta ahora nunca ha fallado.