Hola Benjamín,
Como bien te comentan, no hay problema en tener distintas instalaciones corriendo sobre el mismo servidor, todo dependerá de los recursos que tenga dicho servidor y el acceso a Internet que tenga contratado.
Algunos hosting ofrecen buenas prestaciones para los servidores pero luego los tiempos de respuesta no son muy buenos, por lo que si el numero de usuarios aumenta bastante podría ser un cuello de botella.
Espero haber ayudado.