Plików nie wgrywa się bezpośrednio do katalogu moodledata. I tak by nie były dostępne w kursie. Dawno, dawno temu, w moodle w wersji 1.x było to możliwe, ale teraz już nie.
Napisz, dlaczego chcesz to zrobić, co chcesz przez to osiągnąć, to może uda się coś wymyślić.