Hola,
En la categoría en cuestión, te vas al bloque administración y allí podrás asignar los roles que desees (uno por uno) a la categoría, con lo que aplicarán a todos los cursos que se comprendan en ella:
Imagino que tendrías una categoría para cada empresa. Para las matriculaciones de los estudiantes, quizá te convenga la solución de las cohortes. https://docs.moodle.org/all/es/Cohortes simplifica bastante la carga... entonces puedes tener la cohorte "Empresa A" que la matriculas en todos los cursos de su categoría. Quizá el inconveniente es cuando tienes que desmatricular a una persona, que debes hacerlo quitando a la persona de la cohorte. Imagino que es más simple así que teniendo dos instalciones Moodle.
Saludos cordiales,
Mario