Hay un script por consola que reemplaza en la base de datos los enlaces. Es muy util cuando se cambia de dominio.
Pero para usar https en lugar de http, si se redirigen las peticiones correctamente en el Virtualhost no se debe cambiar nada en moodle ya que el propio servidor las convertirá.
Si no tienes acceso al Virtualhost entonces puedes aplicarlo en un .htaccess