Такое количество категорий не проблема, если они правильно структурированы, т.е. логично вложены одна в другую. На вашем компьютере явно больше, чем 500 папок, но вы же легко находите нужную. Категории со всем их содержимым (подкатегориями и курсами) так же легко перемещаются из одной в другую как и папки.

Только имейте в виду, что структуру категорий университета в Moodle лучше строить с точки зрения преподавателя (факультет-кафедра), а не студента (факультет-специальность).