Hola.
Entiendo perfectamente tu infraestructura, solo que en tu pregunta inicial dentro del foro, no existía esa información que ahora das.
Respondiendo tu pregunta, no conozco un procedimiento formal para la migración que sea nativo de Moodle, además del clásico respaldar e importar cursos, donde puedes incluir tus contenidos y usuarios.
Saludos.