Desculpem gente... Consegui resolver o problema, vou postar aqui caso alguém precise dessa solução.
Tive que entrar no código fonte e comentar algumas linhas de código, desabilitando assim o método que apaga as mensagens.
no meu caso o caminho que fiz foi esse
/public_html/moodle/message/index.php
Abrindo o arquivo basta comentar as seguintes linhas
//$deletemessageid = optional_param('deletemessageid', 0, PARAM_INT);
//$deletemessageconfirm = optional_param('deletemessageconfirm', 0, PARAM_BOOL);
//if ($deletemessageid) {
// $deletemessagetype = required_param('deletemessagetype', PARAM_ALPHAEXT);
//}
Assim nenhum usuário consegue apagar mensagens.
Espero ter ajudado.