En cada ejecución del cron de moodle se realizan tareas diferentes ya que si no fuese asi, el servidor podria quedar colapsado. Hay instalaciones donde se ejecuta cada 10 minutos o incluso menos tiempo.
La lista de tareas la tienes en TU_DOMINIO_MOODLE/admin/tool/task/scheduledtasks.php
Ahi podras ver cuando se realiza el borrado de los logs.