Hola otra vez.
Creo que no has dicho la versión de Moodle con la que estás trabajando, pero en la versión 3.1 la gestión de los repositorios está en "Administración > Administración del sitio > Extensiones > Repositorios > Gestionar repositorios", y una vez activado y configurado, podrás ver algo así:
Aquí tienes documentación de cómo hacer la configuración y su utilización posterior: https://docs.moodle.org/31/en/File_system_repository
Suerte.