Tengo el moodle 1.9 con más de 700 usuarios en los que frecuentemente hay 60 conectados simultáneamente (lo uso en mis clases) y va mucho más rápido que el 3.1 en el que sólo tengo 6 usuarios . Tengo php 5.6.25 y opcache activado.
Opcache significo un salto en el rendimiento pero no es el único parámetro a tener en cuanta. Hay que revisar la configuración de Apache y PHP. Y también la propia configuración de moodle.
De todas las actualizaciones realizadas de 1.9 a 2.x ninguna fue a peor. Y todas las que se han hecho a 3.x desde 2.x tampoco. En algunas incluso el resultado ha sido muy evidente para los alumnos.
Si que es cierto que en algún caso se ha cambiado el servidor y en la mayoria se ha actualizado.