No, to wszystko jasne 
Po prostu skale ocen (ang. scales) i nazwy stopni (ang. letter grades) to dwie kompletnie różne rzeczy. Użyłeś obydwu, ale w sposób, w który się nie zgadzają ze sobą.
Po kolei...
Utworzyłeś skalę ocen (nazwałeś ją "skala standardowa"), w której zdefiniowałeś sześć pozycji: "1,2,3,4,5,6". Problem polega na tym, że Moodle tych pozycji nie traktuje jako liczby, tylko jako ciągi znaków (w uproszczeniu: słowa). Równie dobrze mogłeś wpisać "ndst,dop,dst,db,bdb,cel", albo "beznadziejnie,kiepsko,nieźle,dobrze,bardzo dobrze,świetnie". Dla Moodla to wszystko jedno, bo platforma traktuje skale jako tekst i po prostu utworzyłeś skalę składającą się z sześciu elementów. Żeby było możliwe zliczanie takich skal w dzienniku, Moodle przypisuje każdej z tych sześciu pozycji określoną wartość procentową, a skoro pozycji jest sześć, najniższa będzie równa 0%, a najwyższa 100%, to cała skala wygląda następująco:
- pozycji pierwszej (ocena 1) Moodle "w domyśle" przypisuje 0%
- pozycji drugiej (ocena 2) Moodle przypisuje 20%
- pozycji trzeciej (ocena 3) - 40%
- pozycji czwartej (ocena 4)- 60%
- pozycji piatej (ocena 5)- 80%
- a pozycji szóstej (ocena 6)- 100%
Czyli jeśli w jakimś zadaniu zastosujesz tę skalę, a następnie dasz uczniowi ocenę "4" (czyli czwartą pozycję na skali), to w efekcie uczeń dostał 60%.
Żeby jeszcze bardziej wyjasnić ideę skali ocen, zauważ, że dla Moodla nie miałoby nawet znaczenia, gdybyś zamiast skali "1,2,3,4,5,6" utworzył skalę "2,705,7,12,126,17". Moodle kompletnie by zignorował to, że to są liczby (więc też fakt, że liczba 705 jest wyższa niż 17 również dla Moodla nie miałby znaczenia) i przypisałby im następujące wartości:
- ocena "2" = 0%
- ocena "705" = 20%
- ocena "7" = 40%
- ocena "12" = 60%
- ocena "126" = 80%
- ocena "17" = 100%
Wracając do Twojej sytuacji: wystawiasz oceny tekstowe (bo przecież zgodnie z tym, co napisalem. skala 1,2,3,4,5,6 jest skalą tekstową, a nie liczbową), które Moodle sobie przelicza na procenty, a później te oceny przeliczasz na nazwy stopni, ale - uwaga! - według całkiem innego klucza. Bo nazwy stopni zdefiniowałeś w ten sposób, że:
- ndst = od 0% do 33,99%
- dop = od 34% do 49,99%
- dst = od 50%
- db = od 74%
- bdb = od 89%
- cel = od 99%
Czyli wystawiając ocenę "4" tak naprawdę nie dajesz uczniowi "czwórki" (bo Moodle kompletnie ignoruje to, że tam jest liczba, po prostu interpretuje to jako czwarty element w skali tekstowej zawierającej sześć elementów) - uczeń de facto otrzymuje 60%. A skoro zdefiniowałeś nazwy stopni, zgodnie z którymi oceny z zakresu od 50% do 73,99% przeliczane są na ocenę tekstową "dostateczny", to efekt jest właśnie taki:
ocena "4" = 60% = dostateczny
No dobra, wiemy już dlaczego tak się dzieje, to teraz pytanie - jako z tego wybrnąć? W uproszczeniu - trzeba zdecydować się, czy używasz skal ocen, czy nazw stopni.
Czyli są dwie metody.
Metoda 1: będziesz uczniom w zadaniach wstawiał po prostu punkty. Możesz wtedy za zadanie przewidzieć dowolną liczbę punktów, nie ma to większego znaczenia, chociaż dla ułatwienia warto za każde zadanie przewidzieć maksymalnie 100pktów, wtedy łatwo to będzie się przeliczało na procenty, a procenty z kolei zostaną przekonwertowane na oceny ndst-cel zgodnie z ustalonymi przez Ciebie nazwami stopni.
Metoda 2: albo możesz w zadaniach zamiast punktów używać skali 1-6, ale wtedy najlepiej byłoby zrezygnować z używania nazw stopni i oceny zawsze wyświetlać w formie skali.
PS
Osobiście preferuję metodę 1.
Jest też metoda 3, jeśli koniecznie chcesz używać zarówno skal, jak i nazw stopni, ale raczej tego nie polecam (za dużo kombinowania) W zadaniach używasz skali, a w dzienniku nazw ocen (po uzgodnieniu skali ocen z nazwami stopni), ale jak wspomniałem wyżej, raczej tego nie polecam.
