お世話になっております。村上です。
エラーが再現しませんでしたので、
エラーが発生した環境のMoodleのmoodledataとmoodle本体および
mysqldumpを用いてエラーが発生した環境を別サーバに作ってみました。
Yoshida様に教えていただいたURLを元に修正を行ったところ、
困っていたポップアップエラーは発生しなくなりました。
エラーは表示されなくなりましたが、提出したファイルの変換は
空白ページになりました。一度変換されたPDFはキャッシュされてしまう
ようですので、このままではどうしようもなさそうですね。
ファイルを再度アップしていただくなどの運用でカバーするしかなさそうですね。