Hola
No hay problema en ello, pero si después las quieres clasificar en el banco de preguntas te va a generar confusión. En general, yo recomendaría trabajar con el banco de preguntas global del curso, más que con agregar preguntas a cada cuestionario. Un error muy frecuente ha sido que borras el cuestionario y entonces se borran las preguntas asociadas, con lo que las pierdes. Un vídeo al respecto:
Un saludo