Hola, Joaquín.
Por tus preguntas, creo que debes estar comenzando a trabajar con Moodle, por lo que te sugiero que comiences leyendo la documentación básica en Español, que seguro que te solucionará muchas de tus dudas. Y que ya que hablas de una versión tan ... tan antigua, podrías empezar por aquí: https://docs.moodle.org/all/es/19/Caracter%C3%ADsticas_(1.9)
De todas formas, varias respuestas rápidas:
- No es necesario que el correo sea real (sí que lo parezca), pero en ese caso, ni los alumnos recibirán ningún tipo de notificación o aviso, ni podrán recuperar su contraseña si la olvidan, etc.
- Una cosa es la creación de usuarios y otra la matriculación en los cursos. Tanto una cosa como la otra se pueden hacer manualmente (el alta/baja de usuarios habitualmente requiere permisos de administración, mientras que la matriculación/desmatriculación pueden habitualmente hacerla los profesores del curso). Pero sí, también hay posibilidad de auto-registro de usuarios e incluso auto-matriculación ... pero claro, hay que configurar ciertas cosas para ello.
- En una instalación "bien configurada", una persona solo podrá acceder a los cursos en que tenga algún rol asignado (matrículado como alumno, o como profesor de algún tipo). Normalmente solo los administradores tienen acceso a TODOS los cursos.
Saludos, y suerte.