Обсудил вопрос с первым встречным кандидатом пед. наук (женой). Вполне нормально, что студент приобретает в результате обучения не одну компетенцию (как я понимаю, компетентностный подход декларирует в качестве цели обучения приобретение студентом некой одной профессиональной компетентности), а несколько. Поэтому перевод "структуры компетентностей" тоже будет корректным.
К несчастью, текущие образовательные стандарты оперируют термином компетенция, и совсем не оперируют термином компетентность. Поэтому снова встаём перед дилемой, перводить как правильней, или как в нормативных документах.