Hola Merlin.. te comento..
No me queda muy claro lo que quieres hacer, pero entiendo, que quieres modificar un modulo, para que cargue tu librería de javascript.. si es así, moodle tiene funciones para cargar tus librerías de javascript.. para esto, deberías meter tu librería dentro del directorio del módulo, una vez hecho esto, modificar el archivo que se visualiza en Moodle(el archivo del módulo, por ejemplo, index.php), y ahí hacer la llamada de esta manera:
global $PAGE; // Si es necesario
$PAGE->requires->js('/mod/nombre_modulo/nombrelibreria.js', true);
Con esto, el módulo ya está incluyendo tu librería javascript
Espero que te sirva, un saludo!