Еще было бы интересно посмотреть значение поля contextid в таблице mdl_cohort. Для ГГ, созданных на уровне системы, там должна быть единица. Может вы ее вручную пропишете, тогда ГГ станет видимой и вы ее удалите штатными средствами. Это всегда лучше.