desde Moodle 1.5 es posible definir un tema diferente para cada curso del servidor. Para ello tienes que tener activado la variable "allowcoursethemes" en "Administración/Configuración/Variables". Una vez activado, en la página de configuración de cada curso, será posible seleccionar el tema que se quiere emplear.
Respecto a la segunda, a lo mejor te interesa agrupar los cursos en categorías y hacer que se visualicen las categorías. Al pinchar en cada una de ellas te aparecería la relación de cursos correspondiente.
Ciao