André, eu estou (ou estava) com o mesmo desafio.
Aqui na empresa onde trabalho, me pediram para usar uma única instalação do Moodle para várias outras empresas.
Seria assim:
Empresa A
O RH deste empresa seria um Professor e os funcionários seriam os alunos
Empresa B
O RH deste empresa seria um Professor e os funcionários seriam os alunos
Encontrei uma saída que, aparentemente, resolveu minha necessidade. Ainda precisa ser testada, mas vou passar aqui pra vc ver se te ajuda.
Primeiramente eu criei 3 categorias:
- Empresa A
- Empresa B
- Empresa C
Então eu criei alguns cursos e os atrelei a estas categorias. No momento não lembro exatamente como fiz isso. 
Na sequência, eu crio um aluno: aluno_empresa_a
Então eu entro em "Gerenciar Cursos e Categorias". Ali eu escolho a "Empresa A" que é uma das minha categorias. Escolho um curso que está atrelado a esta categoria e inscrevo o aluno neste curso.
"Automagicamente", quando o aluno loga pela primeira vez, ele só vê este curso que ele está inscrito. Nada mais.
Eu não sei porque, mas o aluno nunca tem um link "Cursos" e sim "Meus Cursos".
Então ele não vê cursos que ele não esteja matriculado mesmo.
Desculpe pela resposta imprecisa, mas comecei a usar o Moodle a 2 meses apenas.
Espero ter ajudado.
