Ciao Cristiano,
dipende da come hai organizzato il file system e se il server sia shared o dedicato cioè usi Plesk per comodità di amministrazione prima che per partizionare il server per molti clienti.
La home isola "meglio" i contenuti di un account rispetto alla folder /vhosts: tipicamente tutto va bene fatta eccezione per httpdocs.
Attenzione anche ai permessi: fai la copia via FTP e con l'account giusto così che l'utente dei file sia anche l'utente che legge e scrive in httpdocs.
HTH,
Matteo