Hola,
En función de la versión de Moodle que utilices podrás configurar una calificación mayor que 100.
Creo que a partir de la versión 2.7, aunque seguro en la 2.8, es posible configurar esta opción desde:
Administración del sito > Calificaciones > Ajustes generales > Puntuación máxima de calificación.
Un saludo,
RD