Hola Juan Pablo,
Perdón por la tardanza, tuve que viajar y estuve fuera unos días.
No, no se ha cambiado ni la versión de php ni la de mysql, pero al actualizar (que fue así como se arregló al final) dio una advertencia de slasharguments antes de actualizar la base de datos en la actualización (la verdad que cuando actualicé en el dominio de prueba ni me fijé e todos los avisos que daba y tiré para adelante...)
Añadiendo la línea en el archivo httpd.conf del servidor,
Acceptpathinfo on
y luego confirmando que estaba desmarcada, volvían a funcionar los enlaces. Luego actualizamos y todo correcto, funcionando sin problemas
Gracias por todo, saludos.