Hola Milton.
Entre los planes que poseen los proveedores de hospedaje existen varias alternativas, las de hospedaje compartido que son las que casi siempre adquirimos y su precio anual oscila los $60, o un poco más de dólares anuales y estan los que poseen un poco más de caracterísitcas, como lo son los servidores virtuales privados (VPS por sus siglas en inglés), estos ofrecen mayor acceso a las configuraciones de la máquina virtual que tenemos con Hostmonster, Bluehost y otros.
Los VPS en Bluehost van como desde $15 por mes en adelante (https://www.bluehost.com/vps), miestras que los hospedajes compartidos van como desde $7 por mes (https://www.bluehost.com/shared)
En mi caso y al problema presentado te comento que intente mejorar mi hospedaje compartido (inicialmente tenia el plan intermedio al iniciar el problema de Moodle) y lo actualice al "Pro" que es el de mayor capacidad en Hostmonster, con IP privada y SSL, esperando se solucionara el error, sin resultado.
Por eso y basado en la experiencia de otros problemas que he tenido con clientes en otros sistemas, pense en migrarlo a un VPS y fue mi solución para Moodle.
Como mensione, en mi caso la actualización fue una diferencia de $50 anuales mas o menos y me alivio muchos, muchos, muchos dolores de cabeza y tiempo, pero desconozco si a todos les funcionara igual, espero que sí, caso de no servirles estos proveedores de hospedaje permiten hacer un rollback de la transacción y te devuelven el dinero pronto, pero es mejor que les consultes sobre sus políticas de reembolso en caso de requerirlo.
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Finalmente, sobre si es mejor usar el asistente o instalarlo en limpio, siempre lo realizo en limpio, de esta forma puedo emplear la última versión y al menos en mi caso, puedo setear la BD y otras cosillas a mi gusto. Pero es una decisión personal.
Saludos.