Hola Rolando:
Las copias de seguridad automáticas se guardan en el directorio, que comúnmente se llama "moodledata" que se recomienda este fuera de la carpeta "moodle".
Por otra parte, te recomiendo revisar la configuración en modo "Administrador" de las variables para realizar copias de seguridad automáticas. Además, personalmente no utilizo la opción de generar copias de seguridad automáticas, debido a que el hosting que he contratado, por su costo, no cuenta con una capacidad de almacenamiento muy "grande" 120 Mega, y la performance de moodle disminuye un poco, en función de los intervalos de tiempo dados para realizar las copias de seguridad.
Lo recomendable es realizar la restauración de las copias de seguridad una a una, pero también se pueden realizar en forma masiva, en función de la ubicación de estas (directorio).
Saludos
Ricardo Barrientos.