Hallo Reto,
die Verlinkung gilt natürlich nicht für extern hochgeladene Dokumente. Moodle würde sich nicht erlauben, eine PDF zu verändern. Die Verlinkung funktioniert nur mit den moodleeigenen Inhaltstypen.
Eventuell gäbe es eine Option, wenn Global Search (https://tracker.moodle.org/browse/MDL-31989 - die Entwicklung ist gerade frisch abgeschlossen) funktioniert und integriert ist in deiner Moodle-Installation. Ich vermute aber, dass die Verbindung zwischen der Globalen Suche und dem Verlinkungsfilter nicht eingerichtet ist.
Liebe Grüße
Stefanie