Buenas Enrique
Actualmente manejo una plataforma que hace uso de scorms externos (manifiesto) es preferible que esta ulr del manifiesto, Ej: http://mimoodle.com/contenidos/curso1/scorm1/imsmanifest.xml se encuentre dentro de tu moodle asi como el ejemplo que coloque, y puedes cambiar los archivos que se encuentran en esa ruta sin ningún inconveniente de perdida de "tracking" lo importante es que el manifiesto se mantenga intacto, es decir, el identificador del mismo.
Nota: un usuario que usó esta actividad antes de actualizarla debe borrar la cache de su navegador para visualizar los cambios.
Saludos.