Hola Luis,
A mí me ha ocurrido cuando la configuración del parámetro max_execution_time de PHP o el Maximum PHP script run time estaba por defecto o era reducido.
Por defecto trae 30 segundos.
Una instalación de Moodle 2.6.x lo mínimo que requiere, según he comprobado, son 300 segundos.
En un servidor dedicado, esta configuración se puede modificar con relativa facilidad. En un hosting, dependerá de las políticas de la empresa de hosting. Algunas te permiten modificar parámetros desde el panel de control o mediante un archivo php.ini o un .htaccess. Otras, sin embargo, no, y toca cambiar de proveedor.
Saludos
JP