Ho effettuato una prova su una versione di test di Moodle 3.0.2+ (Build: 20160225) esportando il registro del valutatore di un corso in formato testo, in formato OpenDocument e in formato Excel. L'utente con il quale ho esportato il registro è un utente con la funzione di amministratore del sito. Nel profilo utente erano presenti due campi personalizzati del tipo "riga di testo" ed esportando il registro del valutatore i campi erano sempre presenti in tutti i formati di esportazione con le rispettive valorizzazioni.
Una cosa da tenere presente: se il nome del campo personalizzato configurato in "grade_export_customprofilefields" non è corretto, il campo non sarà presente nell'esportazione. A titolo di informazione, nelle impostazioni relative alla tua schermata nella installazione dove ho effettuato la prova non era selezionato nessun formato preferito per l'esportazione, dubito che abbia influenza, lo riporto per completezza nel caso tu voglia ripetere una prova analoga alla mia.