Al parecer sí se puede:
https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=255734
Aquí Philippe Siwinski dice que pudo hacerlo agregando la columna "theme" y en ella el nombre corto del tema deseado.
Saludos,
Alejandro
En respuesta a Alejandro Vásquez
Re: Asignar un tema a un alumno masivamente por CSV
de for alcala -
Gracias, me ha resultado útil.
El problema lo tenía en que me faltaba un paso, modificar el fichero que describe para que pueda asignar el el tema por CSV.