Ciao Vincenzo,
l'argomento è interessante: tecnicamente non sono certo si riesca facilmente a criptare solo alcuni file perché in Moodle si fa uso anche dell'autoloading quindi bisognerebbe capire di quali file stai parlando ed entrare un po' di più nel merito di cosa vorresti fare.
Legalmente però tieni presente che sei obbligato a fornirne il sorgente su richiesta perché quei file sono di fatto dei derivati di Moodle se ne usano le sue API - non sarebbe così se usassero solo i Web Services - e quindi devono essere GPL compliant.
Quindi, non so se il gioco valga la candela...
HTH,
Matteo