А вы правильно обновляйте
Удалите старые файлы/папки из /question/type/multichoiceset/ и положите туда новые.
Конечно, если удалить старый плагин через админку Moodle, потом установить новую версию, то и вопросы пропадут, т. к. при удалении плагина удаляются и его таблицы в БД.