Пробовал указать контейнер просто как DC=DOMAIN,DC=RU и входить с указанием домена (ORG1\user) - ничего не выходит.
Не пробовали в в «Контейнеры» написать:
DC=ORG1,DC=DOMAIN,DC=RU;DC=ORG2,DC=DOMAIN,DC=RU;DC=ORG3,DC=DOMAIN,DC=RU
Из пояснения к параметру «Контейнеры»: Чтобы указать несколько контейнеров, используйте разделитель «;». Например: «ou=users,o=org; ou=others,o=org».