файлы которые уже сейчас в системе, прикреплены к каким-то курсам их в удобоваримом виде посмотреть/удалить нельзя
Почему нельзя, можно. Зная реальное имя файла, ищете запись в таблице БД, узнаете хэш файла, по которому находите каталог хранения и сам файл в moodledata. В одной из ссылок выше всё же есть. Нашли - скачиваете, переименовываете, открываете.
курс 1 устарел и его нужно удалить, к нему прикреплены книги, курс 2 тоже имеет прикрепленные книги, часть из которых берется ссылкой из курса 1
В версии Мудл > 2.0 книги из курса 2 не удалятся.
При удалении курса 1 - книги удалятся и в курсе 2 тоже перестанут быть доступны
Прочитайте ещё раз справку по работе с файлами moodle 2.x-3.x. Физически файлы хранятся в одном экземпляре, так как при загрузке проверяется хэш-сумма. Если файл используется в нескольких местах, он не дублируется на диске, просто вставляется в таблицу БД строка с указанием новой области, где используется файл.
связи отследить, получается, невозможно
Какие связи? Чего с чем?