Ciao Mimmo,
ni: bisognerebbe provare a disattivare quanto aggiunto al backup da quella lavorazione e verificare se non c'è più incidenza sulle performance. Dimostrato che quella è la causa allora si può aprire un bug sul Tracker e verificare quindi se possa essere ridotta l'incidenza di questa nuova "feature".
Non ho guardato il codice di quella modifica quindi non so valutare quanto sia difficile isolarla ed escluderla: si potrebbe procedere eventualmente con un git reset --hard <sha1-commit-id> per rimuovere il commit incriminato - ahimé i commit per questa feature sono molti e non uno singolo - ma certamente sono tutte operazioni che andrebbero fatte su un clone della tua istanza, isolata quindi sia per file system sia per DB.
In generale, suggerirei l'analisi del codice e la "disattivazione" senza rimozione dei commit.
HTH,
Matteo