Bonjour,
Sur une plate-forme de test en version 3.0 toute neuve sans aucun plugin additionnel (donc sans aucun plugin PoodLL), j'ai installé le thème Contemporary (dernière version pour Moodle 2.9, mais pas encore mis à jour pour la version 3.0). Pas de problème avec l'éditeur Atto, mais trois touches deviennent "transparentes" avec l'éditeur TinyMCE: "Développer /réduire la barre outils", "Insérer média Moodle" et "Gérer les fichiers intégrés"
c'est-à-dire les mêmes que celles de la première ligne de votre copie d'écran, qui ne font pas appel à PoodLL.
Je pense donc que le problème vient de Contemporary par rapport à l'éditeur TinyMCE.
Christian