Oi Christine.
Eu tenho uma situação semelhante aqui mas nunca verifiquei muito a fundo isso.
Agora olhando com calma, percebi que clicando com o botão direito sobre o vídeo, passando o mouse sobre "este frame", e clicando em "exibir somente este frame", você (provavelmente) terá a opção de tela cheia disponível.
Acredito que a sua solução possa estar nesse caminho. Verifique a diferença no link incorporado na página do Moodle e nesse link que abrirá. Pode ser uma questão de configuração do próprio HTML.
Acredito que não seja exatamente uma restrição do Moodle, mas, no máximo, uma espécie de falta de compatibilidade.
Abraço!