Tak jsem už vyskakovací okno nebo spíše okno s časem vyřešil. Vytvořil jsem v CSS své šablony pro ID quiz-timer tento kód a už to funguje jak má. Čas je neustále pevně přišpendlen vlevo nahoře:
Tady je kód:
top: 55px;
left: 15px;
position: fixed;
padding: 15px;
border: 1px solid;
background-color: #FFF;
Samozřejmě si to každý může upravit jak potřebuje....