Hola,
No se cómo tendrán organizados sus cursos José Manuel y Snayder. Pero si está todo en el tema 2, por ejemplo, basta con hacer una copia de seguridad de todo lo que está en el tema 2, luego restaurarlo al curso destino y poner todo en su lugar definitivo. Y repetir la operación con el resto de los temas. O a la inversa, desde el curso "destino" "importar" sólo aquellos recursos y actividades que están en el curso "madre" y que me interesan para mi curso. Sólo es cuestión de reacomodar, si ya está todo cargado en la Moodle no le veo mucho inconveniente más allá del dolor de cabeza de una tarde de desarmar todo lo que ya habíamos montado. Lo bueno es que ya los cursos quedan como definitivos y no será necesario más trabajo adelante.
Saludos,
Mario