Da un punto di vista generale se il sistema di ecommerce si occupa della vendita dei corsi e Moodle è essenzialmente il sistema dove gli utenti frequenteranno i corsi acquistati, su Moodle per gestire le anagrafiche ed iscrivere gli utenti ai corsi forse una possibilità è quella di utilizzare i web service.
le funzioni web service per la gestione utenti e per l'iscrizione degli utenti ai corsi sono già presenti nella versione "core" di Moodle, è solo necessario configurarli per essere chiamati dal sistema di ecommerce.
Naturalmente dovrai approfondire se l'approccio è idoneo anche al sistema di ecommerce ed eventualmente individuare possibili strade per un meccanismo di SSO tra i due sistemi qualora richiesto.