Где нужно поменять top: -0.5em; на top: -0.2em?
Всегда смотрите config.php нестандартной темы, чтобы узнать "родительскую" тему. Для темы "klass" таковой является bootstrapbase. В этой теме есть moodle.css, где и прописан стиль sup{top:-0.5em}. Но нужно не его менять, а изменить стиль vertical-align: super; на vertical-align: middle;
Изменения не нужно делать в самих файлах темы. Достаточно переопределить стиль в админке сайта в настройках темы "klass", параметр customcss.
И после почистить кеш moodle.