J'ai enfin trouvé la source de mon problème.
En fait le problème ne venait pas de notre nouvelle version de moodle mais du nouveau thème que nous avons mis en place (au même moment que la mise à jour)...
Pour info, il s'agit du thème BCU dans lequel il y avait une ligne :
error_log($CFG->version);
Probablement un vieux reste de debug de la part du développeur... J'ai supprimé cette ligne (fichier lib.php) et tout est rentré dans l'ordre.
Je savais bien que ça ne venait pas de ma configuration serveur
Merci à vous pour vos réponses en tout cas.
Bon week-end.