お世話になっております。村上です。

1日経過して、moodledata/temp/backup内の一時ファイルが
無事に削除されました。

また手動でコースバックアップした際もログファイルとバックアップするための
ファイルとディレクトリが出来ており、削除されずに残っていましたが
設定を変えてからは残るのはログのみでファイルは削除されるようになりました。

これで無事に運用にのせれそうです。

ありがとうございました。