Hola
Clean esta desarrollado con la filosofía de que sea un tema materialmente "limpio" y que sea utilizado como modelo para realizar cualquier otro tema, por ello puede ser que tenga un número menor de archivos en su composición.
Parece que para lo que necesitas, deberás actualizar los elementos que generan la vista. En este caso tanto
columns1.php, columns2.php y columns3.php (sin perjuicio del resto, aunque con estos 3 debería de ser suficiente)
Para ello podemos, por ejemplo en columns3.php
<header role="banner" class="navbar navbar-fixed-top<?php echo $html->navbarclass ?> moodle-has-zindex">
<nav role="navigation" class="navbar-inner">
<div class="container-fluid">
<a class="brand" href="<?php echo $CFG->wwwroot;?>"><?php echo
format_string($SITE->shortname, true, array('context' => context_course::instance(SITEID)));
?></a>
<a class="btn btn-navbar" data-toggle="workaround-collapse" data-target=".nav-collapse">
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</a>
<?php echo $social_network; // my social network logic !! :) ?>
<?php echo $OUTPUT->user_menu(); ?>
De esta forma, podremos ver los cambios en la parte superior, tal y como pretendemos.
columns3.php aplica a la vista dentro de un course. Para saber cuando aplican el resto de layout acudimos al config.php del propio theme.
Aquí no encontramos esta información a priori, aunque si $THEME->parents = array('bootstrapbase');
O sea, que clean hereda propiedades de bootstrapbase. Revisamos el config.php del este, donde podemos comprobar como se comportan los layouts, pej.
// The pagelayout used for reports.
'report' => array(
'file' => 'columns2.php',
'regions' => array('side-pre'),
'defaultregion' => 'side-pre',
),
En la vista informes aplica el archivo columns2.php
Espero que pueda serte útil
Saludos!!