А чего в дампе все таблицы со всех сайтов до кучи? Можно же было БД moodle отдельно сделать?
Обновите сайт до последней версии используемой ветки, т. е. до 1.9.19+, чтобы БД обновить: Upgrading Moodle database from version 1.9 (2007101509) to 1.9.19+ (Build: 20130513) (2007101592.05)
Потом скачайте последнюю версию из ветки 2.0 (https://download.moodle.org/download.php/stable20/moodle-2.0.10.zip) и обновитесь до нее. При этом обновлении все файлы, используемые на сайте будут сконвертированы в новый формат хранения. Я бы это тоже сделал, но нет у меня вашей папки moodledata
Дальше уже можно будет обновляться на более новые версии.