Saludos:
Si bien esas son las configuraciones locales por así decirlo, va de la mano con la configuración local asociada a esta acción es decir por ejemplo si tienes en la opción global mantener notas por 1000 días las más antiguas de eso se eliminaran llegado el tiempo, pero además se puede agregar una local (que puede evitar esto) por ejemplo necesitas notas que un curso tengan más tiempo de registro agregas una local de un año pero una global de 6 meses, con esto las que no tengas configuradas a durar un año local serán removidas, pero las que sí no lo serán.
entiendo que es para ello que se puede configurar esa opción.
las actividades son parte del curso, y no se pierden a menos que elimines el curso, pero no depende de los usuarios.
las notas en dichas actividades van de mano con la configuración global de notas (explicado más arriba).